Se passará 2 anos após o final da segunda temporada.

O ano é 2116 e o governo japonês começou a exportar droides tripulados e o conceito do Sistema Sibyl para diversos países, com os tentáculos do sistema se estendendo mundialmente. A união dos países do sudeste da Asia (SEAUn) introduziu recentemente o Sistema Sibyl e se encontra em fase de experimentação, e graças a ele a cidade artificial construída sobre a água, Shambala Float, desfruta de dias de paz e tranquilidade.

No entanto, terroristas do Japão chegam a SEAUn e driblam o sistema Sibyl, lançando uma ofensiva ao governo central. É quando a sombra de certo homem aparecerá e Akane viajará para Shambala Float para descobrir a verdade por trás destes ocorridos.