A quarta temporada de Scrubs segue o quarto ano de J.D. no hospital Sacred Heart, onde ele termina sua residência e vira um Doutor, no mesmo calibre do Dr. Cox. Infelizmente para o J.D., a relação dos dois não muda muito. Turk e Carla voltam de sua lua-de-mel, mas o casamento dos dois tem problemas. Elliot fica zangada com J.D. por ter magoado ela, e J.D. se interessa na nova psiquiatra do hospital.