Dois jesuítas portugueses, padres Sebastião Rodrigues e Francisco Garpe, vão clandestinamente ao Japão para continuar a espalhar o cristianismo, que havia sido proibido pelo shogunato. Padre Rodrigues tem ainda outra meta: encontrar seu antigo mentor, padre Cristóvão Ferreira, e descobrir se são verdadeiros os boatos de que ele cometera apostasia.