A história de Transformers Prime se passa na Terra, onde os Decepticons e Autobots viveram por muito tempo. A equipe dos Autobots é formada por Bumblebee, Arcee, Sacada, Ratched e Cliffjumper, além do líder Optimus Prime. Os vilões da vez serão Starscream e Soundwave, que estarão entre os Decepticons, equipe liderada por Megatron.