A história de Ultraman Ginga gira em torno da transformação de todos os Ultras (e seus monstros!) em pequenos bonecos, através de um misterioso poder. Alguns desses bonecos foram espalhados pelo universo. O jovem encontra o "Ginga Spark", que lhe dá o poder de fazer os bonecos retornarem à suas formas originais - gigantes e com vida! Ginga também vai enfrentar monstros (e alienígenas) graças ao poder que é responsável pela transformação dos Ultras. Através da combinação de uma série de "Spark Dolls", representando heróis e monstros do passado, a Ultraman Ginga pode fazê-los reviver, para combater o mal.