Nascido em Estocolmo, na Suécia, em 1960, Nyqvist estudou teatro na cidade de Malmö e fez intercâmbio nos Estados Unidos quando tinha 17 anos. Depois de estrelar produções cinematográficas e teatrais na Suécia nas décadas de 80 e 90, o estopim de sua carreira veio com o drama Together, que lhe rendeu o Prêmio Guldbagge de Melhor Ator Coadjuvante. Mas foi seu trabalho na franquia Os Homens que Não Amavam as Mulheres, ao lado de Noomi Rapace, que abriram as portas para o sucesso com trabalhos internacionais.
Faleceu vítima de uma longa luta contra o câncer.

Cônjuge: Catharina Nyqvist Ehrnrooth (de 1990 a 2017)