Aos 20 anos de idade começou seus estudos de atuação e ingressou no Centro de Educação Artística de Televisa (CEA). Un ano depois de sair do (CEA), Eduardo recebeu sua primeira oportunidade de trabalhar dentro do mundo das telenovelas, ele foi o protagonista juvenil da novela, De frente al sol em (1992).

Desde a sua descoberta, tem sido um bom elemento artístico aos produtores mais oportunidades em suas produções. Participou da telenovela Amigas y rivales, interpretando José um homem com muito senso de humor e disposto a conquistar o coração da problemática Helena papel da atriz Ludwika Paleta.

Mas foi na telenovela Rubí, ao lado de Barbara Mori, Jacqueline Bracamontes e Sebastián Rulli ele viveu o protagonista Alessandro, onde foi sucesso um absoluto, ganhando o prêmio daquele ano de melhor ator. Seu talento tem sido reconhecido , ao longo se sua carreira, com várias premiações dentre elas. TVyNovelas e As Palmas de Ouro.

Eduardo Santamarina, ja foi casado com a atriz Itatí Cantoral, (que ficou conhecida no Brasil, pela novela Maria do Bairro, onde viveu a vilã Soraya Montenegro), com quem teve 2 filhos(gêmeos) José Eduardo e Roberto Miguel. Ele e Itati Cantoral anunciaram a separação do casal no final do mês de novembro de 2004. Há quem diga que eles estavam passando por uma intensa crise no casamento por um bom tempo.

Teve um relacionamento duradouro com a atriz Susana González, com quem quase se casou novamente, mas atualmente é casado com a atriz Mayrín Villanueva‎ com quem tem uma filha Julia, que nasceu em 2009.