Muitos anos se passaram desde que Naota e Haruhara Haruko tiveram a sua aventura juntos. Enquanto isso, a guerra entre as duas entidades conhecidas como Medical Mechanica e Fraternitiy acontece através da galáxia. A protagonista da vez é Hidomi, uma adolescente que acredita que nada incrível pode acontecer na vida dela, até que um dia uma professora chamada Haruko chega na escola dela. Pouco tempo depois, Medical Mechanica está atacando a cidade da jovem e Hidomi descobre um segredo nela que pode salvar a todos, mas que só Haruko pode ajudar a ativar.

A nova temporada promete explicar o motivo para Haruko voltar para a terra, o que aconteceu com o Rickenbacker 4001 que ficou com Naota e para onde foi o robô-humanóide Canti.