Godzilla terá de enfrentar uma forma alienígena, apelidada de Orga, que acorda depois de ter passado 6.000 anos dormindo nas profundezas do oceano, e ameaça destruir Tóquio. Agora, Godzilla, é a única esperança do planeta contra o monstro alienígena, em uma batalha terrível, na qual os humanos nada poderão fazer.