Puella Magi Madoka Magica conta a história de Madoka, uma estudante normal do ensino médio que é envolvida acidentalmente no meio da luta entre garotas mágicas e bruxas. A garota mágica que salva ela e sua amiga Sayaka se chama Tomoe Mami, ela tem um animal mágico chamado Kyubey, que oferece realizar qualquer desejo delas em troca de torná-las garotas mágicas. Porém, existe uma outra garota mágica chamada Homura Akemi, que parece determinada a impedir que Madoka vire uma garota mágica, e logo elas verão que as coisas podem ser muito diferentes do que parecem…