Lerner nasceu no Brooklyn em Nova York, descendente de romenos e judeus, filho de Blanche e George Lerner, um pescador e negociante de antiguidades. Ele foi criado nos bairros Bensonhurst e Red Hook. Seu irmão, Ken Lerner, também é ator.
Depois de se formar no Brooklyn College e na London Academy of Music and Dramatic Art (LAMDA), Lerner começou sua carreira na década de 1960 no American Conservatory Theater de San Francisco, na Califórnia. Na idade de 24 ele apareceu como "Hieronymous, o Avarento", em uma produção de rádio KPFA de Michel de Ghelderode, Red Magic.
Durante os anos setenta, Lerner começou a fazer várias aparições em programas de televisão, como A Família Sol-Lá-Si-Dó, The Odd Couple e M*A*S*H. Ele também apareceu em três episódios de Arquivo Confidencial. Em 1974, ele apareceu no filme para tv The Missiles of October interpretando Pierre Salinger.
Em 1970 Lerner fez sua estréia no cinema em Alex in Wonderland. Ele, então, passou a aparecer em papéis secundários em vários filmes de Hollywood, como The Candidate, Cinco dias de conspiração e o remake de 1981 O Destino Bate à sua Porta. Em 1991, após co-estrelar em Os Donos da Noite, Lerner interpretou o produtor de cinema Jack Lipnick em Barton Fink: Delírios de Hollywood, pelo qual recebeu uma nomeação ao Óscar como Melhor Ator Coadjuvante.
Projetos posteriores de Lerner incluir a comédia natalina Um Duende em Nova York e Poster Boy, bem como aparecendo em programas de televisão, como Lei & Ordem: Unidade de Vítimas Especiais e Entourage: Fama e Amizade.
Em 2002, ele apareceu na produção londrina Up for Grabs com Madonna. Michael também apareceu na Radio Four, em 2008, como membro do elenco da série de David Quantick Radio Four One. Ele também retratou o senador Brickman no filme da Marvel Comics e Twentieth Century Fox, X-Men: Dias de Um Futuro Esquecido.
Em 2013, Lerner aparece na quarta temporada de Glee como Sidney Greene, um investidor no revival do musical da Broadway Funny Girl. Seu personagem é um dos juízes, observando a personagem Rachel Berry na audição para o papel principal. Ele reprisou seu papel como Sidney na 5 ª temporada em vários episódios da série.

Irmãos: Ken Lerner
Pais: George Lerner, Blanche Lerner